兒童自身的原因是由疾病引起的，這些疾病主要分布在三個部位：顱內、腎上腺和性腺（睪丸和卵巢）。顱內引起性早熟的疾病有腫瘤、腦膿腫、腦炎、腦積水、腦外傷、顱內手術、顱內放療和化療等。腎上腺引起性早熟的疾病有腎上腺腫瘤、先天性腎上腺皮質增生癥等。睪丸引起性早熟的疾病有睪丸間質細胞瘤和家族性睪丸中毒病。卵巢引起性早熟的疾病有卵巢腫瘤和卵巢囊腫。另外，還有一些疾病如肝臟腫瘤、甲狀腺功能低下等也可引起性早熟，只是較少見。一些藥物如部分抗腫瘤藥、異煙肼、酮康唑和性激素等也可引起性早熟。